Esta instituição foi crida como Centro de Documentação e Informação do Banco Nacional Ultramarino, para responder às exigências de informação económica e social necessárias ao desenvolvimento da colónia portuguesa.
Através do Decreto nº40/77, de 27 de Setembro, este centro passa a fazer parte da estrutura orgânica do Banco de Moçambique (BM), denominando-se Centro Nacional de Documentação e Informação de Moçambique, abreviamente CEDIMO.
De acordo com o artigo 2 do mesmo decreto o CEDIMO deveria continuar na estrutura do Banco de Moçambique até que fosse definido e implantado o Sistema Nacional de Documentação. E para o efeito foi criada uma comissão constituída pelo Ministro de Estado na Presidência e por representantes do Ministério do Desenvolvimento e Planificação Económica, Banco de Moçambique e Universidade Eduardo Mondlane.
Esta comissão deveria dinamizar e dirigir todo o processo de criação deste sistema através da integração das estruturas existentes no sector, sua regulamentação, bem como criação de novas estruturas.
Para o seu funcionamento, o CEDIMO beneficiou de apetrechamento em recursos humanos e materiais que eram necessários, com base nos quais realizou várias actividades respeitantes a gestão de documentos do Banco de Moçambique e a publicação de diversa informação sobre questões de ordem político-administrativa, económica e sócio-cultural, de âmbito nacional e internacional.
Não obstante, os bons resultados alcançados na realização dessas actividades, dificuldades de natureza política e financeira, impediram a aprovação oficial da proposta de estrutura orgânica do CEDIMO, elaborada pela mencionada Comissão, esta situação prevaleceu até 1986
De acordo com o nº 3 do artigo 4 do Decreto Presidencial nº 66/1986, de 11 de Outubro, que criou o Ministério da Administração Estatal (MAE), o CEDIMO passou a tutela do Ministro, com responsabilidade de criar e organizar o arquivo de Estado e apoiar a Comissão de Implementação das Normas do Segredo Estatal no Aparelho de Estado
Neste contexto, visando assegurar a protecção do património arquivístico, era necessário desenvolver um sistema nacional de arquivos que disciplinasse a custódia dos documentos e acesso as informações neles contidos, desde a sua produção até ao destino final, não se desassociando do seu valor histórico da importância que os acervos assumem enquanto instrumentos de administração foi aprovado o Sistema Nacional de Arquivos, através do Decreto nº 33/92, de 26 de Outubro.
Uma das prioridades da Estratégia Global da Reforma do Sector Público (2001-2011) era a reorganização e normação da área de documentação, registo e arquivos do Estado, tendo em consideração os mais variados problemas que ainda enfermava esta área ao nível da Administração Pública.
Neste âmbito, foi aprovado em 2003, pelo Conselho Nacional da Função Pública, o primeiro Estatuto Orgânico do CEDIMO (Resolução nº 2/2003, de 2 de Julho), com a responsabilidade de organizar os Sistemas de Documentação, Registo e Arquivos do Estado e subordinando-se ao Ministério da Administração Estatal (MAE).
Em 2007 com a criação do Ministério da Função Pública (MFP), através do Decreto Presidencial nº 13/2007 de 16 de Outubro, o CEDIMO para a subordinar-se a este ministério, mantendo a mesma responsabilidade na área de documentação e arquivos do Estado.
Visando adequar a estrutura deste centro, aos desafios do processo de Reforma do Sector Público, em 2009 foi aprovado o actual Estatuto Orgânico (Resolução nº 15/2009 de 8 de Julho), que para além de organizar o referido sistema, também vela pela definição de normas e estratégias de implementação